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title: "archeoViz. Visualización, exploración  y comunicación web de datos espaciales arqueológicos"
output: rmarkdown::html_vignette
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  %\VignetteIndexEntry{archeoViz. Visualización, exploración  y comunicación web de datos espaciales arqueológicos}
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```{r, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(
  collapse = TRUE,
  comment = "#>"
)
```


`archeoViz` es una aplicación empaquetada de R Shiny para la *visualización*, *exploración* y *comunicación* web de datos espaciales arqueológicos. Incluye *visualizaciones* 3D y 2D interactivas, puede generar *secciones* transversales y *mapas* de los restos, y mostrar una línea de tiempo interactiva del trabajo en un sitio. Puede tambien ejecutar *estadísticas espaciales* básicas (casco convexo, superficies de regresión, estimación de densidad de kernel 2D), así como *exportar datos* a otras aplicaciones en línea para realizar métodos más complejos. `archeoViz` se puede usar localmente o implementar en un servidor, ya sea permitiendo que el usuario cargue datos a través de la interfaz o ejecutando la aplicación con un conjunto de datos específico. La interfaz de la aplicación está disponible en alemán, español, italiano, inglés, francés, portugués, y rumano. Página web: https://archeoviz.hypotheses.org.


 
 


- [**Instalación**](#instalación)
  - [Uso local](#uso-local)
  - [Uso distante](#uso-distante)
  - [Demonstración](#demonstración)
- [**Recomendaciones comunitarias**](#recomendaciones-comunitarias)
  - [Reportar errores](#reportar-errores)
  - [Sugerir cambios](#sugerir-cambios)
  - [Traducción](#traducción)
- [**Uso**](#uso)
  - [Información espacial en archeoViz](#información-espacial-en-archeoviz)
    - [Puntos, ubicación exacta: objetos trazados](#puntos-ubicación-exacta-objetos-trazados)
    - [Puntos, ubicación vaga: niveles arbitrários, baldes, objetos tamizados y errores de registro](#puntos-ubicación-vaga-niveles-arbitrários-baldes-objetos-tamizados-y-errores-de-registro)
    - [Líneas](#líneas)
    - [Superficies](#superficies)
  - [Remontajes y medición de fábrica](#remontajes-y-medición-de-fábrica)
      - [Remontajes](#remontajes)
      - [Medición de fábrica](#medición-de-fábrica)  
  - [Formato de datos](#formato-de-datos)
     - [Formatear datos](#formatear-datos)
     - [Tabla de objetos](#tabla-de-objetos)
     - [Tabla de remontajes](#tabla-de-remontajes)
     - [Tabla cronológica](#tabla-cronológica)
     - [Dibujo de fondo](#dibujo-de-fondo)
     - [Unidades](#unidades)
  - [Cargar datos](#cargar-datos)
     - [A través de la interfaz de la aplicación](#a-través-de-la-interfaz-de-la-aplicación)
     - [A través de los parámetros de la función R](#a-través-de-los-parámetros-de-la-función-r)
     - [A través de parámetros de URL](#a-través-de-parámetros-de-url)
     - [Generación de datos aleatorios](#generación-de-datos-aleatorios)
     - [Girar los puntos](#girar-los-puntos)
  - [Subconfiguración de datos](#subconfiguración-de-datos)
     - [Por modo de ubicación](#por-modo-de-ubicación)
     - [Por capa o categoría de objeto](#por-capa-o-categoría-de-objeto)
  - [Visualización interactiva](#visualización-interactiva)
    - [Características generales](#características-generales)
    - [Visualización de la incertidumbre espacial](#visualización-de-la-incertidumbre-espacial)
    - [Salidas gráficas](#salidas-gráficas)
  - [Estadísticas espaciales](#estadísticas-espaciales)
     - [Superficies de regresión](#superficies-de-regresión)
     - [Cascos convexos](#cascos-convexos)
     - [Densidad de kernel 2D](#densidad-de-kernel-2d)
- [**Reproducibilidad**](#reproducibilidad)  
- [**Exportaciones desde y hacia aplicaciones de terceros**](#exportaciones-desde-y-hacia-aplicaciones-de-terceros)
    - [Exportar desde archeoViz](#exportar-desde-archeoviz)
    - [Importar a archeoViz](#importar-a-archeoviz)
- [**Parámetros avanzados**](#parámetros-avanzados)
  - [Cuadrícula](#cuadrícula)
  - [Preajuste de parámetros](#preajuste-de-parámetros)
  - [Visualización de gráficos reactivos](#visualización-de-gráficos-reactivos)
  - [Controlar los formatos de exportación](#controlar-los-formatos-de-exportación)
  - [Parámetros de URL](#parámetros-de-url)
- [**Agradecimientos**](#agradecimientos)
- [**Referencias**](#referencias)
  - [Software](#software)
  - [Articulos](#articulos)
  - [Presentationes](#presentationes)
  - [Sitios web](#sitios-web)
 
 
# Instalación

`archeoViz` se puede utilizar de dos maneras:

* localmente, en la máquina del usuario
* de forma remota, después de implementar la aplicación en un servidor distante


## Uso local

El paquete se puede instalar desde CRAN con:

```r
install.packages("archeoViz")
```

La versión de desarrollo está disponible en *GitHub* y se puede instalar con:


```r
# install.packages("devtools")
devtools::install_github("sebastien-plutniak/archeoviz")
```

Luego, cargue el paquete e inicie la aplicación con:

```r
library(archeoViz)
archeoViz()
```

## Uso distante

Para implementar  `archeoViz` en su servidor Shiny, primero descargue y descomprima el paquete:

```{r, eval=FALSE}
# configure el directorio de trabajo en su servidor Shiny:
setwd(dir = "/some/path/")
# descargar el package:
download.file(url = "https://github.com/sebastien-plutniak/archeoviz/archive/master.zip",
              destfile = "archeoviz.zip")
# unzip:
unzip(zipfile = "archeoviz.zip")
```

Luego, abre `https://<your-shiny-server>/archeoviz-main`.

Para configurar la aplicación con tus datos y preferencias, edita el archivo `app.R`, ubicado en la raíz del directorio:

```{r, eval=FALSE}
archeoViz(objects.df = NULL,   # data.frame con datos sobre los objetos
          refits.df = NULL,    # data.frame opcional para reinstalar datos
          timeline.df = NULL,  # data.frame opcional para la cronología de excavación
          default.group =NULL, # méthode de groupement des données,
                               # par couche ("by.layer") ou "by.variable"
          title = NULL,        # titulo del sitio / data set
          home.text = NULL,    # Contenido HTML para mostrar en la página de inicio
          lang = "fr"          # lenguaje de interfaz ("en": Inglés, "fr": Francés, "it": Italiano, "pt": Portugués, "es": Español)
          set.theme = "cosmo") # tema gráfico para la interfaz Shiny
```

Los valores posibles para el parámetro `set.theme` se ilustran en esta [página](https://rstudio.github.io/shinythemes/). El idioma de la aplicación se puede configurar con el parámetro lang.

## Demostración

Las instancias de demostración de la aplicación se implementan en el servidor *Huma Num* Shiny:

* [`archeoViz` en francés](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/fr).
* [`archeoViz` en inglés](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/en).
* [`archeoViz` en alemán](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/de).
* [`archeoViz` en italiano](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/it).
* [`archeoViz` en portugués](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/pt).
* [`archeoViz` en español](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/es).
* [`archeoViz` en rumano](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/ro).

Los casos de uso reales se presentan en el [*archeoViz Portal*](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/home).

# Recomendaciones comunitarias

## Reportar errores

Si encuentra un error, complete un [*issue*](https://github.com/sebastien-plutniak/archeoviz/issues) con todos los detalles necesarios para reproducirlo.

## Suggerir cambios

Sugerencias de cambios a archeoViz son bienvenidas. Estas solicitudes pueden referirse a funciones adicionales, cambios en la documentación, ejemplos adicionales, nuevas características, etc. Se puede hacer llenando un [issue](https://github.com/sebastien-plutniak/archeoviz/issues) y, aún mejor, usando un *pull requests* y el modelo de [Fork and Pull](https://docs.github.com/articles/about-pull-requests) de GitHub.

## Traducción

Se presta especial atención al multilingüismo. La interfaz de la aplicación está disponible en varios idiomas, y se agradecería su traducción a otros idiomas. Para ello, edite este archivo y envíe una *pull request*.

# Uso

Teniendo restos arqueológicos de un sitio determinado, `archeoViz` está diseñado para reducir las barreras técnicas para cumplir tres objetivos:

* exploración espacial básica y generación de informes gráficos sencillos;
* publicación previa rápida de datos arqueológicos, destinada a la comunidad científica;
* implementación rápida de una herramienta de visualización y comunicación destinada a un público más amplio.


Además, `archeoViz` es un recurso pedagógico adecuado para enseñar análisis espacial en arqueología, estructuración de datos, ciencia abierta y flujo de trabajo reproducible.

N.B.: en consecuencia, `archeoViz` no pretende reemplazar herramientas de análisis más sofisticadas (por ejemplo, GIS, paquetes estadísticos, etc.)

## Información espacial en archeoViz

Los arqueólogos registran la ubicación de los objetos arqueológicos en diferentes escalas y granularidades. En consecuencia, utilizan diferentes conceptos geométricos para representar la ubicación.

### Puntos, ubicación exacta: objetos trazados

El uso de coordenadas de cuadrícula o “estación total” electrónica permite registrar la ubicación individual de los objetos en el campo. En ese caso, la ubicación se representa como puntos en `archeoViz` (tripletes de coordenadas x, y, z).

### Puntos, ubicación vaga: niveles arbitrários, baldes, objetos tamizados y errores de registro

Sin embargo, también es común que las coordenadas x, y, z, por objeto no estén disponibles, por diferentes motivos debido a:

* errores de registro, pérdida de información, lo que resulta en la necesidad de reemplazar uno de varios valores de coordenadas por rangos (por ejemplo, falta un valor X para un objeto y se reemplaza por los valores X mínimo y máximo del cuadrado donde se encuentra este objeto). fue encontrado);
* elección del método (p. ej., excavación realizada y registrada utilizando asadores de profundidad arbitraria, objetos tamizados, etc.).

En todos estos casos, tenemos que lidiar con la ubicación imprecisa, cuando los objetos no se pueden ubicar como puntos sino que se encuentran en algún lugar entre rangos de coordenadas. La ubicación imprecisa puede afectar a una, dos o tres dimensiones espaciales (las coordenadas x, y, z, respectivamente).

Esta función también puede utilizarse para tener en cuenta la imprecisión de los instrumentos topográficos.


### Líneas

Las líneas son geometrías útiles para representar relaciones. En arqueología, pueden ser relaciones de [remontajes](#remontajes) entre fragmentos de objetos, orientación ([medición de fábrica](#medición-de-fábrica)), etc. 
Las líneas se generan a partir de datos cargados como datos de reensamblaje, ya sea desde la pestaña “Datos” o utilizando el parámetro `refits.df` en la función `archeoViz()`.

### Superficies

Las superficies son geometrías útiles para representar niveles del terreno, zanjas, fosos, etc. En `archeoViz`, esto puede conseguirse definiendo un subconjunto de puntos que resuman la superficie deseada y activando después la visualización del [casco convexo](#cascos-convexos) de este subconjunto.


## Remontajes y medición de fábrica

### Remontajes 

Los remontajes suelen ser registrados por los arqueólogos de dos maneras:

1. por conjuntos de objetos de remontajes: usando una tabla de dos columnas, donde una fila corresponde a un **objeto**. La primera columna almacena la identificación única del objeto y la segunda columna almacena la identificación del conjunto de objetos al que pertenece este objeto.
2. reensamblando relaciones: usando una tabla de dos columnas, donde una fila corresponde a una **relación**. La primera columna almacena la identificación única del primer objeto y la segunda columna almacena la identificación única del segundo objeto.

Aunque la segunda estructura de datos es más precisa, la primera se usa con más frecuencia.

`archeoViz` procesa y representa las dos estructuras de datos de dos maneras:

* los conjuntos de objetos de remontajes deben describirse usando una columna específica en la tabla `objects.df` (p. ej., `object_refits`) y están representados por el color de los puntos en los gráficos ( como cualquier otra variable);
* las relaciones de remontajes deben describirse usando la tabla `refits.df` y se visualizan como segmentos que conectan los objetos de remontaje en las parcelas.

 

### Medición de fábrica

Hasta ahora `archeoViz` no maneja correctamente las mediciones de fábrica. Sin embargo, el proceso utilizado para representar remontajes también se puede adaptar y utilizar para representar las mediciones de fábrica. Esto requiere distorsionar la estructura de datos de la siguiente manera:

* suponiendo que las mediciones de fábrica se registraron con dos mediciones en cada objeto (y no con mediciones de inmersión y hundimiento),
* diferentes valores id únicos deben ser dados a los dos puntos, y las dos mediciones se procesan como si fueran dos objetos reensamblados.

Vea un ejemplo de este método [aquí](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/shuidonggou2).


## Formato de datos

Se pueden cargar tres tipos de datos en `archeoViz`:

* una tabla de “objetos” (obligatoria), con datos sobre los objetos;
* una tabla de “remontajes” (opcional), con datos sobre los objetos de reacondicionamiento;
* una tabla de “cronología” (opcional), con datos sobre cuándo se excavó o midió cada cuadrado del sitio.

### Formatear datos

Las tablas deben ser archivos CSV con la primera fila que contiene las etiquetas de las columnas. Se permiten contenidos en HTML. Esto hace posible, en particular, agregar enlaces a recursos externos (por ejemplo, a identificadores permanentes de objetos en otras bases de datos, o a identificadores de conceptos en ontologías / tesauros estándar, etc.).

El formateo de sus datos se puede hacer:

* ya sea usando un editor de hojas de cálculo en su máquina para generar archivos CSV;
* o, para la tabla de objetos , usando la aplicación [*SEAHORS*](https://aurelienroyer.shinyapps.io/Seahors/) para cargue sus datos, defina las variables (en la pestaña “Cargar datos”) y expórtelos al formato archeoViz (en la pestaña “Tabla” / “exportaciones archeoViz”). También es posible enviar directamente los datos a una instancia `archeoViz` en línea.



### Tabla de objetos

Una fila describe un solo objeto con los siguientes campos obligatorios:

* **id**: *valor alfanumérico*, identificador único del objeto
* **xmin**: *valor numérico*, coordenada del objeto en el eje X 
* **ymin**: *valor numérico*, coordenada del objeto en el eje Y 
* **zmin**: *valor numérico*, coordenada del objeto en el eje Z (valor de profundidad positivo)
* **layer**: *valor alfanumério*, identificador de la capa del objeto
* **object_type**: *valeur alphanumérique*, categoría del objeto

Además, los campos opcionales son posibles, incluidos:

* **square_x**: *valor alfanumérico*, identificador del cuadrado en el eje X
* **square_y**: *valor alfanumérico*, identificador del cuadrado en el eje Y
* **year**: *valor numérico*, año en que se excavó el objeto
* **xmax**: *valor numérico*, cuando la ubicación X del objeto está incluida en un rango de coordenadas X
* **ymax**: *valor numérico*, cuando la ubicación Y del objeto está incluida en un rango de coordenadas Y
* **zmax**: *valor numérico*, cuando la ubicación Z del objeto está incluida en un rango de coordenadas Z
* **object_edit**: número ilimitado de variables adicionales que describen el objeto (los nombres de campo deben comenzar con object_ y tener diferentes sufijos)

Las etiquetas de los cuadrados de la cuadrícula:

* están ordenados alfanuméricamente; 
* no se muestran para evitar visualizaciones erróneas, si el número de etiquetas no corresponde exactamente al número total de cuadrados de 100 (cm, m, km) que se pueden definir en el rango de coordenadas mínimas y máximas contenidas en las variables xmin e ymin;
* se puede completar con los parámetros `add.x.square.labels` y `add.y.square.labels` de `archeoViz()` para agregar las etiquetas que faltan (en los ejes X e Y de la cuadrícula, respectivamente).


### Tabla de remontajes

Se puede cargar una tabla de datos con dos columnas para reajustar los datos (formato CSV). Cada fila debe contener los identificadores únicos de dos objetos de reacondicionamiento (correspondientes a los valores de la columna `id` en la tabla de objetos).

###  Tabla cronológica

Se puede cargar una tabla (formato CSV) sobre el historial de excavaciones. La fila indica el año en que se excavó o midió cada cuadrado de la cuadrícula del sitio. Esta tabla debe incluir las siguientes variables:

* **year**: *valor numérico*, el año de excavación
* **square_x**: *valor alfanumérico*, identificador del cuadrado excavado en el eje X
* **square_y**: *valor alfanumérico*, identificador del cuadrado excavado en el eje Y
   
   
   
### Dibujo de fondo 
  
En las pestañas “3D” y “Mapa” se puede mostrar un dibujo de fondo. Esto puede utilizarse, por ejemplo, para mostrar un plano del sitio como fondo de una nube de puntos.
Esta función requiere una tabla de datos en la que cada línea contenga las coordenadas X e Y de los puntos que se utilizarán para el dibujo. Tenga en cuenta que las líneas se dibujarán en el orden de los puntos de la tabla.
El sistema de coordenadas utilizado debe ser el mismo que el utilizado para los objetos.
Para dibujar varias líneas, se requiere una columna adicional (titulada  “group”), que debe indicar para cada punto el identificador único de la línea a la que pertenece el punto. 
El conjunto de datos debe cargarse utilizando el parámetro `background.map`.  


### Unidades

Por defecto, todas las distancias en `archeoViz` están en centímetros.
Sin embargo, es posible especificar otra unidad dando uno de los siguientes valores al parámetro `unit`: “cm”, “m”, “km”. Este parámetro determina el contenido de la leyenda relativa al tamaño de los cuadrados de la cuadrícula.

## Cargar datos

Hay cuatro formas de ingresar datos en `archeoViz`:


1. cargar tablas de datos a través de la pestaña “Cargar datos”,
2. cargar tablas de datos a través de los parámetros de la función `archeoViz`, en la interfaz R;
3. cargar tablas de datos a través de parámetros de URL, cuando se usa una instancia en línea de `archeoViz`.
4. generar datos aleatorios en la pestaña “Cargar datos”;


### A través de la interfaz de la aplicación

Los tres tipos de tablas se pueden cargar en la pestaña “Cargar datos”. El separador CSV (uno de: coma, punto y coma, tabulación) y el carácter utilizado para los puntos decimales (punto o coma).


### A través de los parámetros de la función R

La función de inicio de archeoViz (`archeoViz()`) se puede ejecutar sin parámetros

```{r, eval=FALSE}
archeoViz()
```


o usando los parámetros `objects.df`, `refits.df` o `timeline.df` para ingresar datos.marcos sobre los objetos arqueológicos , las relaciones de remontajes entre estos objetos y la cronología de la excavación, respectivamente.

```{r, eval=FALSE}
archeoViz(objects.df = NULL,  # data.frame con datos sobre los objetos
          refits.df = NULL,   # data.frame para reacondicionar objetos
          timeline.df = NULL) # data.frame opcional para la cronología de excavación
```

### A través de parámetros de URL

La URL de una instancia en línea de `archeoViz` puede incluir los parámetros:

* `objects.df=`
* `refits.df=`
* `timeline.df=`

cuyos valores deben ser la URL de un archivo CSV respetando el formato archeoViz descrito anteriormente. Por ejemplo:
[https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/fr/?objects.df=https://zenodo.org/record/8003880/files/bilzingsleben.csv](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/fr/?objects.df=https://zenodo.org/record/8003880/files/bilzingsleben.csv)


### Generando Datos Aleatorios

El uso de datos generados aleatoriamente es posible con fines de demostración. Para activar esta función, configure el control deslizante en “Cargar datos” a un valor superior a 0 (establecer el valor nuevamente en 0 desactiva la función). Se genera un conjunto de datos de “objetos”, un conjunto de datos de “remontajes” y un conjunto de datos de “cronología”, lo que permite probar todas las funcionalidades de `archeoViz`.

### Girar los puntos

Puede cambiar la orientación de los puntos en planta. En la pestaña “Datos”, seleccione un valor (en grados) y confírmelo haciendo clic en el botón “Validar la selección”.



## Configuración secundaria de datos

Una vez que se cargan los datos, se puede realizar una subselección de los datos en el menú del lado izquierdo. La agrupación se puede realizar cruzando los siguientes parámetros: el modo de ubicación, las capas y la categoría del objeto. 

### Por Modo de ubicación

Si todos los objetos tienen una ubicación exacta o una ubicación vaga, no se propone ninguna opción. Sin embargo, si el conjunto de datos incluye una ubicación tanto exacta como imprecisa, es posible seleccionar solo una de estas opciones o ambas.


### Por capa o categoría de objeto

Los datos se pueden agrupar de dos maneras: ya sea según su capa o según la variable “object_” seleccionada. Esta opción determina los colores de los puntos en los gráficos 3D y 2D y cómo agrupar los puntos al calcular cascos convexos y superficies de regresión 3D. Los subconjuntos se pueden definir por categorías de objetos, utilizando los campos “variable” y “valures”. Una vez que se selecciona uno de los “object_type” (u otras posibles variables “object_”), sus valores aparecen a continuación y se pueden seleccionar usando las casillas de verificación. La selección debe validarse haciendo clic en el botón “Validar”. Esta selección determina los datos que se mostrarán en los gráficos y tablas.



## Visualización interactiva

### Características generales

Los gráficos en las pestañas “Gráfico 3D”, “Mapa”, “Sección X” y “Sección Y” se generan utilizando [`plotly`](https://CRAN.R-project.org/package=plotly/).
Todos los gráficos son dinámicos e incluyen una barra de menú encima del gráfico con varias opciones (generar un archivo de imagen, hacer zoom, mover la vista, etc.). Consulte los detalles en el sitio web [`plotly`](http://plotly.github.io/getting-to-know-the-plotly-modebar/).

Al hacer clic en el elemento de una leyenda, se modifica la visualización:

* un simple clic en un elemento activa/desactiva su visualización;
* un doble clic en un elemento solo muestra este elemento (otro doble clic lo cancela).

Esta función permite elegir qué capas se muestran. Además, se puede establecer el tamaño de los puntos y si se deben representar o no las relaciones de reposición.

Finalmente, al hacer clic en un punto, se muestra información sobre ese punto en la tabla debajo del gráfico.

### Visualización de la incertidumbre espacial

En `archeoViz`, se hace una distinción entre ubicación exacta (dada como coordenadas x, y, z) y ubicaciones vagas (dada como rangos de coordenadas). Se pueden mostrar ambos tipos de ubicaciones. La incertidumbre de las ubicaciones vagas se puede visualizar representando objetos no como puntos sino como líneas, planos y volúmenes (si se dan rangos de coordenadas para una, dos o tres dimensiones espaciales, respectivamente). Tenga en cuenta que esta función consume muchos recursos y su uso con demasiados datos puede ralentizar significativamente la aplicación.

### Salidas gráficas

Se pueden generar varios resultados gráficos en`archeoViz`.

* Los gráficos en las pestañas “Gráfico 3D”, “Mapa“, “Sección X” y “Sección Y” se pueden exportar: 
    * en formato SVG (haciendo clic en el ícono de “cámara” en la barra de menú sobre el gráfico),
    * como gráficos interactivos en formato HTML, haciendo clic en el botón “Exportar“.
* El pequeño mapa en las pestañas “Sección X” y “Sección Y” se puede exportar en SVG haciendo clic en el enlace “Descargar mapa“.
* El plano de la cronología de la excavación se puede exportar en formato SVG haciendo clic en el botón “Descargar“.

## Estadísticas espaciales

`archeoViz` incluye algunas funcionalidades de análisis espacial, destinadas a un uso básico y exploratorio.

### Superficies de regresión

En la pestaña “Gráfico 3D“, al hacer clic en “Calcular superficies” y “Validar” se muestra la superficie de regresión asociada con cada capa (con al menos 100 puntos). Las superficies se calculan utilizando el modelo aditivo generalizado implementado en el paquete [`mgcv`](https://CRAN.R-project.org/package=mgcv).

### Cascos convexos

En la pestaña “Visualización 3D“, los cascos convexos se muestran:

1. marcando la casilla “cascos convexos”,
2. seleccionando, en el menú que aparece, los subconjuntos de puntos para los que deben calcularse los cascos,
3. pulsando “Validar”.

El casco convexo asociado con cada capa (con al menos 20 puntos) se muestran. Los cascos convexos se calculan usando el paquete[`cxhull`](https://CRAN.R-project.org/package=cxhull).

### densidad kernel 2D

En la pestaña “Mapa“, al marcar la casilla “Calcular densidad” y hacer clic en “Validar” se genera un mapa con líneas de contorno que muestran la densidad de los puntos. La densidad se puede calcular para todos los puntos juntos o por capa (con al menos 30 puntos). La densidad del núcleo 2D se calcula con la función  `kde2d` del paquete  [`MASS`](https://CRAN.R-project.org/package=MASS) (a través de  [`ggplot2`](https://CRAN.R-project.org/package=ggplot2)).


## Reproducibilidad

`archeoViz` es, por definición, una aplicación interactiva. Sin embargo, varias características garantizan la reproducibilidad y comunicabilidad del resultado de las interacciones con la aplicación.

* La visualización 3D se puede exportar en un formato independiente HTML interactivo, teniendo en cuenta la selección de datos realizada por el usuario.
* En la pestaña “Reproducibilidad”, se genera dinámicamente un comando R, teniendo en cuenta la configuración actual de la aplicación realizada por el usuario.
* En un uso más avanzado, los parámetros de URL permiten configurar una instancia en línea de los parámetros de interés de la aplicación y comunicarla mediante el envío de la URL.


## Exportaciones desde y hacia aplicaciones de terceros

`archeoViz` fue diseñado como uno de los componentes básicos de un ecosistema digital descentralizado para datos y análisis arqueológicos. En esta perspectiva, las características y funciones se distribuyen en múltiples aplicaciones interconectadas, en lugar de concentrarse en unos pocos sistemas. En consecuencia, los datos se pueden exportar e importar entre `archeoViz` y otras aplicaciones basadas en la web. Tenga en cuenta que, hasta ahora, las funcionalidades de exportación solo están disponibles cuando se utilizan instancias `archeoViz` en línea.


### Exportar desde archeoViz

Desde la pestaña “Estadísticas” de `archeoViz`, es posible exportar datos a otras aplicaciones online. La posibilidad de realizar determinadas exportaciones está condicionada al tipo de datos o a la presencia de un número mínimo de valores.

[*archeofrag*](https://analytics.huma-num.fr/Sebastien.Plutniak/archeofrag) es un paquete R y una aplicación web para evaluar y evaluar las distinciones entre unidades espaciales arqueológicas (por ejemplo, capas) basado en el análisis de las relaciones de remontajes entre fragmentos de objetos. La versión web de la aplicación incluye métodos para medir la cohesión y la mezcla de unidades espaciales y compararlas con datos simulados. Si se inicia una instancia de `archeoViz` con [datos de remontaje](#tabla-de-remontajes), estos datos se pueden analizar con `archeofrag`. Cf. este  [ejemplo](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/grotte16).

El [*Seriograph*](https://analytics.huma-num.fr/ModAthom/seriograph/) es una aplicación web (parte del  [*SPARTAAS*](https://spartaas.gitpages.huma-num.fr/r-package/)) collection) para visualizar cambios en la distribución cuantitativa de tipos de artefactos en series ordenadas o desordenadas de unidades espaciales. La exportación a `Seriograph` sólo es posible desde instancias de `archeoViz` ejecutadas online cuyo conjunto de datos tenga (al menos) 2 valores diferentes para la variable `layer` y 2 valores diferentes para la variable seleccionada (`object_type` por defecto).
Cf. este [ejemplo](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/poeymau).

[*Amado online*](https://app.ptm.huma-num.fr/amado/) es una aplicación online para analizar tablas de contingencia. `Amado online` permite reordenar filas y columnas manualmente y realizar seriaciones y clasificaciones automáticas. La exportación a `Amado online` sólo es posible desde instancias de `archeoViz` ejecutadas online cuyo conjunto de datos tenga (al menos) 2 valores diferentes para la variable `layer` y 2 valores diferentes para la variable seleccionada (`object_type` por defecto). Cf. este [ejemplo](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/tai).

[*explor*](https://cran.r-project.org/package=explor) es una aplicación  R Shiny / paquete R para explorar interactivamente los resultados de análisis multidimensionales. La exportación a `explor` sólo es posible desde instancias de `archeoViz` ejecutadas online cuyo conjunto de datos tenga (al menos) 2 valores diferentes para la variable `layer` y 2 valores diferentes para la variable seleccionada (`object_type` por defecto). La versión de `explor` utilizada desde `archeoViz` es una adaptación de la aplicación original, limitada al análisis factorial de correspondencias. Cf. este [ejemplo](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/tai).

[*shinyHeatmaply*](https://cran.r-project.org/package=shinyHeatmaply) 
es una aplicación  R Shiny / paquete R para generar y explorar interactivamente mapas de calor  (*heatmaps*). Plusieurs distances et méthodes de classifications peuvent être apploquées. Pueden aplicarse varias distancias y métodos de clasificación. La exportación a `shinyHeatmaply` sólo es posible desde instancias de `archeoViz` ejecutadas online cuyo conjunto de datos tenga (al menos) 2 valores diferentes para la variable `layer` y 2 valores diferentes para la variable seleccionada (`object_type` por defecto). La versión de `shinyHeatmaply` utilizada desde `archeoViz` es una adaptación de la aplicación original. Cf. este [ejemplo](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/grande-rivoire).


### Importar a archeoViz

[*SEAHORS*](https://aurelienroyer.shinyapps.io/Seahors/) es una aplicación web y paquete R para visualizar la distribución espacial de restos arqueológicos. Como  [se mencionó](#formatear-datos), *SEAHORS* se puede usar para importar, remodelar y enviar un conjunto de datos a una instancia en línea de la aplicación `archeoViz`.

## Parámetros avanzados

La función `archeoViz()` se puede configurar con múltiples parámetros opcionales, relacionados con:

* os datos de entrada (ya detallados [arriba](#a-través-de-los-parámetros-de-la-función-r)),
* el contenido de la página de inicio (ya detallado [arriba](#uso-distante)),
* la [cuadrícula](#cuadrícula),
* la [preconfiguración](#preajuste-de-parámetros) de los parámetros que se pueden configurar a través de la interfaz de la aplicación
* el [comportamiento reactivo](#visualización-de-gráficos-reactivos) de la aplicación con respecto a la generación de gráficos,
* [export HTML](#controlar-los-formatos-de-exportación),
* los [parámetros de URL](#parámetros-de-url).



```{r, eval=FALSE}
archeoViz(objects.df=NULL, refits.df=NULL, timeline.df=NULL,
          title=NULL, home.text=NULL, lang="en", set.theme="cosmo",
          square.size = 100, unit = "cm", rotation = 0, 
          grid.orientation = NULL, background.map = NULL,
          reverse.axis.values = NULL, reverse.square.names = NULL,
          add.x.square.labels = NULL, add.y.square.labels = NULL,
          class.variable = NULL, class.values = NULL,
          default.group = "by.layer", location.mode = NULL,
          map.z.val = NULL, map.density = "no", map.refits = NULL,
          plot3d.ratio = 1, plot3d.hulls = FALSE, hulls.class.values = NULL,
          plot3d.surfaces = NULL, plot3d.refits = NULL, point.size = 2,
          sectionX.x.val = NULL, sectionX.y.val = NULL, sectionX.refits = NULL, 
          sectionY.x.val = NULL, sectionY.y.val = NULL, sectionY.refits = NULL,
          camera.center = c(0, 0, 0), camera.eye = c(1.25, 1.25, 1.25),
          run.plots = FALSE, html.export = TRUE, table.export = TRUE
          )
```

### Cuadrícula

```{r, eval=FALSE}
archeoViz(square.size = 100, unit = "cm", rotation = 0, 
          grid.orientation = NULL, background.map = NULL,
          reverse.axis.values = NULL, reverse.square.names = NULL,
          add.x.square.labels = NULL, add.y.square.labels = NULL
          )
```

* **square.size** : *numérico*. Tamaño (ancho y alto) de los cuadrados en el sistema de cuadrícula. El valor predeterminado es 100.
* **unit** : carácter. Unidad para distancias espaciales. Puede ser “cm”, “m” o “km”.
* **rotation** : *numérico*. Valor (grados) de la rotación en el plano de la nube de puntos.
* **grid.orientation** : *numérico*. Orientación (grados, positiva o negativa) de la cuadrícula (0 corresponde a una orientación norte).
* **background.map** : data frame o matrix. Coordenadas para dibujar líneas en el fondo de las vistas en 3D y en planta.
* **reverse.axis.values** : *carácter*. Nombre del eje o ejes a invertir (cualquier combinación de 'x', 'y', 'z”).
* **reverse.square.names** : *carácter*. Nombre del eje o ejes para los que invertir el orden de las etiquetas cuadradas (cualquier combinación de “x”, “y”, “z”).
* **add.x.square.labels** : *carácter*. Etiquetas cuadradas adicionales para el eje “x”.
* **add.y.square.labels** : *carácter*. Etiquetas cuadradas adicionales para el eje “y”.

### Preajuste de parámetros

```{r, eval=FALSE}
archeoViz(class.variable = NULL, class.values = NULL,
          default.group = "by.layer", location.mode = NULL,
          map.z.val = NULL, map.density = "no", map.refits = NULL,
          plot3d.hulls = NULL, plot3d.surfaces = NULL, plot3d.refits = NULL,
          sectionX.x.val = NULL, sectionX.y.val = NULL, sectionX.refits = NULL, 
          sectionY.x.val = NULL, sectionY.y.val = NULL, sectionY.refits = NULL,
          camera.center = NULL, camera.eye = NULL
          )
```

* **class.variable**: *carácter*. Al iniciar la aplicación, nombre de la variable a preseleccionar.
* **class.values**: *carácter*. vector de caracteres. Al iniciar la aplicación, nombres de los valores para preseleccionar.
* **default.group**: *carácter*. carácter. Al iniciar la aplicación, ajuste preestablecido de la variable utilizada para agrupar datos (una de “by.layer” o “by.variable”).
* **location.mode**: *carácter*. Al iniciar la aplicación, ajuste preestablecido de los métodos de ubicación (cualquier combinación de “exact”, “fuzzy”, “show.uncertainty”).
* **map.z.val**: numérico. Valores mínimos y máximos de las coordenadas Z para mostrar en el gráfico del mapa.
* **map.density**: *carácter*. Al iniciar la aplicación, si desea calcular y mostrar los contornos de densidad en el gráfico del mapa (uno de “no”, “overall”, “by.variable”).
* **map.refits**: TRUE o FALSE. Ya sea para mostrar remontaje en el gráfico del mapa.
* **plot3d.hulls**: TRUE o FALSE. Al iniciar la aplicación, si calcular y mostrar cascos convexos en el gráfico 3D.
* **hulls.class.values**: *carácter*. Al iniciar la aplicación, los nombres de los subconjuntos de puntos para los que se calcularán los cascos convexos.
* **plot3d.surfaces**: TRUE o FALSE. Al iniciar la aplicación, si calcular y mostrar la regresión en el gráfico 3D.
* **plot3d.refits**: TRUE o FALSE. Al iniciar la aplicación, si mostrar remontaje en el gráfico de sección 3D.
* **point.size**: *numérico*. Al iniciar la aplicación, el tamaño de los puntos en las visualizaciones.
* **sectionX.x.val**: *numérico*. Al iniciar la aplicación, los valores mínimos y máximos de las coordenadas X se mostrarán en el gráfico de la sección X.
* **sectionX.y.val**: *numérico*. Al iniciar la aplicación, los valores mínimos y máximos de las coordenadas Y se mostrarán en el gráfico de la sección Y.
* **sectionX.refits**: TRUE o FALSE. Al iniciar la aplicación, si se muestran los remontajes en el gráfico de la sección X.
* **sectionY.x.val**: *numérico*. Al iniciar la aplicación, los valores mínimos y máximos de las coordenadas X se mostrarán en el gráfico de la sección Y.
* **sectionY.y.val**: *numérico*. Al iniciar la aplicación, los valores mínimos y máximos de las coordenadas Y se mostrarán en el gráfico de la sección Y.
* **sectionY.refits**: TRUE o FALSE. Al iniciar la aplicación, si se muestran los reacondicionamientos en el gráfico de la sección Y.
* **camera.center**: *numérico*. En el gráfico 3D, coordenadas del punto al que mira la cámara (valores predeterminados: x=0, y=0, z=0).
* **camera.eye**: *numérico*. En el gráfico 3D, las coordenadas de la posición de la cámara (valores predeterminados: x=1,25, y=1,25, z=1,25).


### Visualización de gráficos reactivos

```{r, eval=FALSE}
archeoViz(run.plots = FALSE)
```

* **run.plots**: TRUE o FALSE. Si calcular y mostrar gráficos inmediatamente (sin requerir que el usuario haga clic en el botón “Actualizar”).

### Controlar los formatos de exportación

* **html.export**: TRUE o FALSE. Si permitir o no que las figuras se exporten como widgets HTML interactivos.
* **table.export**: TRUE o FALSE. Permita o no permita la transferencia de datos a [aplicaciones de terceros](#exportaciones-desde-y-hacia-aplicaciones-de-terceros) en la pestaña “Estadísticas”.


### Parámetros de URL

Una instancia de `archeoViz` implementada en línea en un servidor se puede configurar con parámetros de URL. Los parámetros admitidos incluyen:


* `objects.df`, `refits.df`, `timeline.df`
* `title`, `home.text`
* `reverse.axis.values`, `reverse.square.names`
* `square.size`
* `add.x.square.labels`, `add.y.square.labels`
* `class.variable`, `class.values`
* `default.group`
* `location.mode`
* `map.density`, `map.refits`
* `plot3d.hulls`, `plot3d.surfaces`, `plot3d.refits`
* `sectionX.refits`
* `sectionY.refits`
* `run.plots`

(Los siguientes parámetros no son compatibles con la versión actual: `map.z.val`, `sectionX.x.val`, `sectionX.y.val`, `sectionY.x.val`, `sectionY.y.val`, `point.size`, `lang`, `set.theme`, `camera.center`, `camera.eye`, `html.export`, `table.export`.)

Los parámetros deben escribirse usando la sintaxis de URL (?param1=value&param2=value2) y tener el mismo tipo de valores que cuando se usan en la interfaz de R. Por ejemplo, la siguiente URL inicia una instancia de archeoViz utilizando el conjunto de datos  [Bilzingsleben](https://zenodo.org/record/8003880):

[https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/en/?objects.df=https://zenodo.org/record/8003880/files/bilzingsleben.csv](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/en/?objects.df=https://zenodo.org/record/8003880/files/bilzingsleben.csv)

Esta URL hace lo mismo, pero también incluye la tabla de reacondicionamiento (parámetro `&refits.df=`) y activa la visualización de las relaciones de reacondicionamiento en los gráficos 3D y de mapa:

[https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/en/?map.refits=TRUE&plot3d.refits=TRUE&objects.df=https://zenodo.org/record/8003880/files/bilzingsleben.csv&refits.df=https://zenodo.org/record/8003880/files/bilzingsleben-antlers-refits.csv](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/en/?map.refits=TRUE&plot3d.refits=TRUE&objects.df=https://zenodo.org/record/8003880/files/bilzingsleben.csv&refits.df=https://zenodo.org/record/8003880/files/bilzingsleben-antlers-refits.csv)

La siguiente URL inicia el conjunto de datos de Bilzingsleben, preconfigurando la aplicación para:

1. agrupa los puntos por variable (parámetro `default.group`, con valor `by.variable` en lugar de `by.layer`)
2. selecciona solo las “Astas” (parámetro `class.values`)
3. redefine el tamaño de la cuadrícula (parámetro `square.size`, 500 en lugar del valor predeterminado de 100)
4. habilitar la visualización inmediata de los gráficos (parámetro `run.plots`)
5. modifica el título de la página (parámetro `title`)
6. modifica el contenido de la página de inicio con contenidos HTML básicos (parámetro `home.txt`)

[https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/en/?default.group=by.variable&class.values=Antler&square.size=500&run.plots=TRUE&title=Antlers%20at%20Bilzingsleben&home.text=Many%20<b>antlers</b>&objects.df=https://zenodo.org/record/8003880/files/bilzingsleben.csv](https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/en/?default.group=by.variable&class.values=Antler&square.size=500&run.plots=TRUE&title=Anters%20at%20Bilzingsleben&home.text=Many%20<b>antlers</b>&objects.df=https://zenodo.org/record/8003880/files/bilzingsleben.csv)
 
 
Tenga en cuenta que los parámetros  `add.x.square.labels`, `add.y.square.labels`, `location.mode`, et `class.values`, que aceptan valores simples o múltiples en la interfaz de R (p. ej., c(“value1”, “value2”)) solo aceptan un valor cuando se establecen como parámetros de URL (esta es una restricción debido a la sintaxis de la URL).





# Agradecimientos

La aplicación y el paquete `archeoViz` son desarrollados y mantenidos por Sébastien Plutniak. Arthur Coulon, Solène Denis, Olivier Marlet y Thomas Perrin probaron y apoyaron el proyecto en su etapa inicial. Renata Araujo, Laura Coltofean, Sara Giardino, Julian Laabs, y Nicolas Delsol tradujeron la aplicación al portugués, rumano, italiano, alemán, y español respectivamente.

# Referencias

## Software 

* Plutniak, Sébastien, Renata Araujo, Laura Coltofean, Nicolas Delsol, Sara Giardino, Julian Laabs. 2024. “archeoViz. Visualisation, Exploration, and Web Communication of Archaeological Spatial Data”. v1.3.4, DOI: [10.5281/zenodo.7460193](https://doi.org/10.5281/zenodo.7460193).
* Plutniak, Sébastien, Anaïs Vignoles. 2023. “[The archeoViz Portal: Dissemination of Spatial Archaeological Datasets](https://hal.science/hal-04156271)”, portail web, https://analytics.huma-num.fr/archeoviz/home.

## Articulos

* Plutniak, Sébastien. 2023. “archeoViz: an R package for the Visualisation, Exploration, and Web Communication of Archaeological Spatial Data”. *Journal of Open Source Software*, 92(8), 5811, DOI: [10.21105/joss.05811](https://doi.org/10.21105/joss.05811).
* Plutniak, Sébastien. 2023. “[Visualiser et explorer la distribution spatiale du mobilier archéologique : l'application archeoViz et son portail web](https://www.prehistoire.org/offres/doc_inline_src/515/0-BSPF_2023_1_2e_partie_Correspondance_PLUTNIAK.pdf)”. *Bulletin de la Société préhistorique française*, 120(1), p. 70-74.

## Presentationes

* Plutniak, Sébastien. 2023. “[Fostering the Publication of Spatial Archaeological Data: a Decentralized Approach. The archeoViz Web Application and its Portal](https://hal.science/hal-04146410)”, diapositivas de una presentación en la Universidad de Florida, Gainesville.
* Plutniak, Sébastien, Anaïs Vignoles. 2023. “[L’application web / package archeoViz et son portail web. Une solution décentralisée d’éditorialisation de données archéologiques spatialisées](https://hal.science/hal-04070444), diapositivas de una presentación en el SITRADA workshop, Paris.

## Sitios web

* El blog *archeoViz. Data visualization in archaeology. Re-use, visualization, dissemination of spatial data*: https://archeoviz.hypotheses.org
